Diatur dalam alam semesta paralel sekitar periode Edo.

Spesies asing Amanto menyerang planet Bumi. Orang-orang di Bumi melawan alien selama lebih dari 10 tahun. Shogun melihat kekuatan dan memutuskan menerima penaklukan mereka. Shogun membangun pemerintahan boneka untuk Amanto dan melaksanakan pedang penghapusan Edict. Karena tindakan ini, samurai yang berjuang melawan Amanto untuk negara dan tuan mereka berguguran.

Gintoki Sakata (Shun Oguri) adalah seorang samurai dan kebetulan bertemu dengan orang-orang. Dia memiliki pengalaman yang luar biasa.